個人・法人・組合の3つの形態があります。
個人馬主は1人の個人を馬主として登録するものであり、馬主全体の約85％を占めるもっとも一般的な登録形態です。
法人馬主は競馬事業を目的とする法人を馬主登録するものですが、その代表者が個人馬主としての登録要件を満たす必要があるとともに、法人の財務内容等も審査の対象となります。
組合馬主は3名以上10名以下の者がそれぞれ出資し、共同の競馬事業を行うことを定めた契約を結ぶことによって成立した組合を馬主として登録するものです。個人馬主と比較して組合員各々の所得要件が低いという点で登録を受けやすいという面がある一方、各組合員の出資比率は常に一定でなければならないといった制約があります。

所得が要件に満たない方でも、その不足額や資産状況によっては馬主登録できる場合があります。また資産が足りない方も同様の取扱いがありますので、一度馬主登録課へご相談ください。

概ね4〜5か月かかります。馬主登録審査は4月・7月・11月の年3回行われており、各回の締め切りはそれぞれ以下のとおりです。

• 備考1：本邦外居住者については受付締切日を定めず、上程準備が整い次第審査に諮ることとする。

申請時にお金はかかりませんが、馬主登録審査後、登録までの間に馬主登録料1万円をJRAに納めていただきます。
また、馬主登録後には登録免許税（国税）9万円を納付する義務があります。

JRA本部（競走部馬主登録課）または栗東・美浦トレーニング・センターおよびJRAの競馬場（10場）の業務課で受け付けています。

地方競馬との交流競走に出走することができます。1994年以前は中央競馬に登録のあるまま地方競馬に出走できたのは、帝王賞（大井競馬場）等ごく一部の競走に限られていましたが、1995年以降は地方競馬との交流競走が条件クラスの競走も含めて徐々に拡大され、2023年は12主催者でダート交流重賞競走40競走を含む合計191競走が行われました。
なお、実施する競走内容につきましては、四半期毎に発行しております「地方競馬指定交流競走のご案内」でご確認ください。

馬主記章・馬主通行証の携行で競馬場への入場や馬主駐車場への駐車はできますが、馬主席はJRAが各競馬場にある馬主の団体（馬主協会）に対して有償で一定の数の席を貸与し、当該協会が管理しているため、原則として馬主協会に所属していなければ馬主席を使用することはできません。

JRAとは別組織となりますが、10か所の競馬場単位でそれぞれ馬主協会があり、現在馬主登録を受けている方のうち8割以上がいずれかの馬主協会に所属しています。
協会の主な活動内容としては、馬主相互間の親睦を図ること、馬主の立場から競走馬の生産・育成および中央競馬の運営等について関係各所に対し献策折衝を行うこと等があります。また、開催日における馬主席の管理も協会が行っています。なお、各馬主協会では独自の入会審査を行っておりますので、詳細については各馬主協会にお問い合わせください。

禁錮以上の刑に処せられた場合や破産者になった場合等には馬主登録が取り消しとなります。
また、調教師に所有馬を継続的に預託することが困難であると認められた場合や正当な理由なく1年以上馬を所有しなかった場合、競馬の公正確保上問題がある者であると認められた場合等にも馬主登録を取り消されることがあります。