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JRAは、国庫納付金を納付している。国庫納付の仕組みは、例えば、100円の勝馬投票券を買えば、10円が国庫に納付される。これが第1国庫納付金と呼ばれるものである。また、JRAの事業運営の結果、各事業年度において利益を生じた場合には、その額の2分の1が国庫に納付される。これが第2国庫納付金と呼ばれるものである。これらの国庫納付金は国の一般財源に繰り入れられている。