1984年に創設された「テレビ東京賞3歳牝馬ステークス」が本競走の前身で、1994年に現在のレース名「フェアリーステークス」に変更された。創設当初は暮れの中山競馬場・芝1600メートルで行われていたが、1991年に芝1200メートルに短縮された。さらに、2009年に1月上旬に移設のうえ距離が1600メートルに戻されたことにより、1月のフェアリーS→2月のデイリー杯クイーンC→3月の桜花賞トライアルという、桜花賞に向けた春の3歳牝馬重賞路線が確立された。

競走名のフェアリー（Fairy）とは、英語で妖精のこと。神話や伝説に登場する気まぐれで、人間と神の中間的な存在の総称。主に羽を持つ小さな少女の姿で表現される。