現在JRAで行われているダート重賞としては3番目の歴史を持つ競走で、1987年に3歳以上、別定の重賞競走「根岸ステークス」として創設された。

創設当初は11月に東京競馬場・ダート1400メートルで行われていたが、1990年にダート1200メートルに短縮された。その後、2001年のダート重賞路線の整備に伴い、開催時期が1回東京開催に移設され、出走条件および距離も4歳以上・ダート1400メートルに変更となった。これにより、本競走は春季ダート重賞路線の大一番・フェブラリーSの前哨戦に位置付けられた。なお、2014年より本競走の優勝馬に対し、フェブラリーSの優先出走権が付与されている。

なお、競走名の「根岸」とは江戸時代末期、神奈川県横浜市（現在の中区根岸台）にわが国初の近代競馬場が設置された根岸（横浜）競馬場の所在地名に由来。同競馬場では、1905年からエンペラーズカップ（のちの帝室御賞典。現在の天皇賞）、1939年から横浜農林省賞典四歳呼馬（現在の皐月賞）などの大レースが行われ、第二次世界大戦が激化する1942年まで競馬が開催されていた。その後、同競馬場の跡地は1977年に「根岸競馬記念公苑」として整備され、「馬の博物館」が設置されるなど、馬と競馬の文化を広く伝える役割を果たしている。