1966年に3歳以上の牝馬限定・別定重量の重賞競走「京都牝馬特別」として創設され、創設当初は秋の京都開催において芝2000メートルで行われていたが、1968年に距離が芝1600メートル（外回り）に短縮された。1983年には開催時期が1月に繰り上げられ、出走資格も4歳以上に変更された。レース名は2001年に「京都牝馬ステークス」に変更された。その後、牝馬重賞競走のローテーション整備の観点から、2016年に開催時期が4週繰り下げられ、距離も1400メートル（外回り）となった。さらに、2025年に開催場が中京競馬場に変更されたうえレース名も「愛知杯」に改称された。

2006年に春の古馬の女王決定戦「ヴィクトリアマイル」が5月に新設されてからは、本競走はヴィクトリアマイルを頂点とする春季牝馬重賞路線の一角を担う重要な一戦となっている。