本競走は、ダート競走体系の整備に伴い、中央競馬における初の3歳馬限定のダート重賞として1996年に新設された。第1回は、秋の中山競馬場・ダート1800メートルを舞台に定量で行われた。翌1997年に東京競馬場・ダート1600メートルへ変更され、1998年から2000年まで再び中山競馬場のダート1800メートルで行われたのち、2001年から開催時期を6月に繰り上げたうえ、別定重量に変更して東京競馬場・ダート1600メートルを舞台に行われるようになった。2024年には3歳ダート三冠競走を中心とした2・3歳馬競走の体系整備に伴い、本競走を東京ダービー（大井競馬場）の前哨戦に位置付けるため開催時期をさらに繰り上げ、コースも京都競馬場・ダート1900メートルに変更された。

競走名のユニコーン（Unicorn）は、ヨーロッパの伝説上の動物で、馬の体をしており、ねじれた一本の角を持っている。神聖な力と純潔の象徴とされ、その角には邪気を払い、いかなる病気も治す力があると信じられていた。