1970年に3歳牝馬三冠競走の最終戦として創設された「ビクトリアカップ」が前身で、1975年にエリザベス女王が来日されたのを記念して、翌1976年に「エリザベス女王杯」として新たに第1回の競走が開催された。当初の競走条件はビクトリアカップを踏襲し、京都競馬場の芝2400メートル（外回り）、負担重量は定量、3歳牝馬限定の混合競走であった。

その後、1996年の牝馬競走体系の整備に伴い、競走条件が3歳の牝馬限定から3歳以上の牝馬限定に変更され、同時に距離も芝2400メートル（外回り）から芝2200メートル（外回り）へと短縮された。これにより、本競走は牝馬三冠路線を戦ってきた3歳の実績馬と古馬の強豪牝馬が一堂に会し、覇を競い合う一戦としてリニューアルされた。現在では、晩秋の京都競馬場を華やかに彩る“3歳以上の女王決定戦”として親しまれている。

本競走は2008年に創設された秋季国際GⅠ競走シリーズ「ジャパン・オータムインターナショナル」に指定されている。また、2012年には、英国王室と縁の深いレースであるという背景から、英国連邦以外で一般的に許可されていないエリザベス女王即位60年記念「ダイヤモンドジュビリー」の日本での実施について特別の許可をいただき、「エリザベス女王即位60年記念」という冠名を付して行われた。

なお、2020年、2021年に続き本年も京都競馬場整備工事による開催日程の変更により阪神競馬場で行われる。